La mise en en oeuvre de la Directive Européenne Cadre sur l'Eau et le besoin récurrent de disposer d'un outil d'analyse du fonctionnement et de l'état physique des cours d'eau sont à l'origine de l'élaboration de méthodes permettant la caractérisation à large échelle du fonctionnement physique des milieux aquatiques dans un objectif de mise en oeuvre d'actions pour l'atteinte du bon état écologique. Le SYstème Relationnel d'Audit de l'Hydromorphologie des Cours d'Eau (SYRAH-CE) est construit à partir d'une approche « descendante », (« top-down »), appuyée sur l'organisation hiérarchique du fonctionnement des milieux aquatiques au sein de leur bassin versant. La première étape de construction de cet audit consiste à réaliser un cadre à large échelle de description des aménagements et usages, soit susceptible d'être à l'origine des travaux et aménagements (pressions), qui seront analysés à une échelle plus fine, soit documentant au mieux ces pressions elles-même, quand les information précises ne sont pas disponibles. L'Atlas est constitué d'un ensemble de couches géographiques regroupées en fonction des ensembles d'altérations physiques identifiées en première phase : altération de flux solides, altération de flux liquides, et altération de la morphologie, résultant, dans la majorité des cas, du déséquilibre entre ces deux derniers. L'Atlas mobilise des données homogènes et disponibles à l'échelle du territoire national relatives à l'occupation des sols (Corine Land Cover), aux activités économiques (recensement Général de l'Agriculture, barrages et plans d'eau, infrastructures), ainsi qu'à certains phénomènes particuliers jugés déterminants (cartographie des risques d'érosion des sols par l'INRA ,1988). Cet ensemble de cartes, utilisable à une échelle de bassins versants (ensemble de cours d'eau, au-delà de 100 km2), a pour objectif d'aider à l'appréciation des gradients de pression d'origine anthropique sur un grand territoire, et de mettre à disposition des acteurs un « filtre » de lecture des risques d'altération des cours d'eau.